Élimination hydrodynamique des bactéries des surfaces

Résumé du projet

La propagation de micro-organismes pathogènes à partir de la surface d'équipements contaminés représente un problème majeur de santé publique, à l'origine d'infections nosocomiales ou de la détérioration des aliments. La contamination des surfaces par les bactéries implique la sécrétion d'une matrice extracellulaire qui augmente considérablement la résistance aux agressions chimiques, pharmaceutiques ou mécaniques. Les stratégies actuelles pour éliminer les bactéries fixées à la surface dans des environnements difficiles d'accès et confinés reposent généralement sur l'utilisation de produits chimiques dangereux pour l'environnement ou d'antibiotiques qui entraînent l'émergence de souches résistantes. Dans ce contexte, il existe une forte volonté de concevoir des stratégies plus douces et plus écologiques pour la décontamination des surfaces, telles que les processus basés sur l'action mécanique d'une interface air/liquide en mouvement et le séchage ultérieur de la surface.

Cette proposition de doctorat vise à étudier expérimentalement les aspects physico-chimiques de la décontamination des surfaces à l'aide de bulles, et la manière dont une procédure de nettoyage imparfaite peut induire l'émergence de bactéries mécaniquement résistantes grâce à une survie sélective sur la surface.

La personne retenue combinera le savoir-faire expérimental des équipes impliquées en microbiologie, microfluidique, microscopie et analyse d'images pour étudier le rôle de la matrice extracellulaire dans la survie des bactéries à la décontamination mécanique. Elle concevra et réalisera des expériences modèles pour imager l'adhésion bactérienne, la formation de colonies, puis l'élimination ou la réorganisation des bactéries sous le passage d'une bulle dans un canal d'écoulement. Dans une deuxième partie, elle étudiera également si des sous-populations de bactéries présentant des phénotypes particuliers sont sélectionnées pendant le passage et le séchage de la bulle, et si le séchage peut modifier davantage l'expression des gènes et conduire à une résistance accrue. Enfin, elle interagira avec une équipe de physiciens et de théoriciens de la matière molle afin de modéliser ses données expérimentales à l'aide de l'hydrodynamique des couches minces, du mouillage et de la modélisation du séchage des gels.

Localisation et aspects pratiques

Le projet est une collaboration entre le Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (LPENSL) et le Laboratoire Interdisciplinaire de Physique (LIPhy) de Grenoble. Les deux villes sont des centres de recherche majeurs en France, situées à environ 1h l'une de l'autre près des Alpes françaises. Les deux laboratoires rassemblent des chercheurs théoriques et expérimentaux couvrant un large éventail d'expertises incluant la physique de la matière molle, la biophysique, la mécanique des fluides, la physico-chimie, la biologie et l'optique.

La personne retenue travaillera sous la co-supervision du Dr Delphine Débarre (Grenoble) et du Dr Sigolène Lecuyer (Lyon). Elle partagera son temps à part égale entre Lyon et Grenoble. Des contacts existants avec des microbiologistes sont également en place pour accéder aux isolats cliniques. Enfin, des collaborations internationales (Espagne, Royaume-Uni, Japon, Allemagne) apporteront une diversité d'interactions.

Le projet est entièrement financé pour 3 ans et peut être lancé entre septembre 2025 et janvier 2026. Le salaire brut sera de 2200 €/mois (avec des avantages supplémentaires pour la couverture santé, le transport, la parentalité, etc.)

Qualifications demandées

Nous cherchons une personne avec une formation en physique expérimentale, biophysique, bioingénieurie ou microbiologie, enthousiaste et rigoureuse avec un intérêt marqué pour le travail multidisciplinaire. Le travail expérimental comprendra la microfluidique, la microscopie et la microbiologie. Aucune expérience préalable dans ces domaines n'est requise, mais de bonnes compétences expérimentales et un goût pour la rigueur sont essentiels. Un intérêt pour les concepts et la modélisation de la matière molle aidera à interpréter les données. Une expérience en analyse de données (y compris en programmation) est un plus.

La langue de travail de l'équipe est l'anglais : un bon niveau est requis, ainsi que de bonnes compétences en communication pour assurer une collaboration efficace entre les laboratoires.

Candidatures

Les personnes intéressées doivent écrire à Sigolène Lecuyer (sigolene.lecuyerens-lyon.fr (sigolene[dot]lecuyer[at]ens-lyon[dot]fr)) et Delphine Débarre (delphine.debarreuniv-grenoble-alpes.fr (delphine[dot]debarre[at]univ-grenoble-alpes[dot]fr)) en joignant une lettre de motivation, un CV, un relevé de notes et les coordonnées de deux personnes de référence (indiquer « PhD studentship - Decontamination » comme objet de l'e-mail). Date limite de dépôt des candidatures : 31/07/2025. Les candidatures anticipées sont encouragées car le poste peut être pourvu avant la date limite.