Réponse au stress et formation de biofilm chez E. coli

Stéphan Lacour

Étude de la réponse au stress chez E. coli

RpoS est un régulateur clé de la réponse généralisée à des stress de natures variées chez la bactérie Escherichia coli. Son régulon a été étudié au moyen de puces à ADN, RNA-seq ChIP et de mesures d’expression individuelle de gènes à l’aide de protéine rapportrice comme la GFP. Nous essayons de comprendre la fonction d’autres protéines qui affecte l’activité de ce facteur sigma alternatif de l’ARN polymérase. Nos études antérieures se sont portées tout d’abord sur la fonction de la protéine Crl dont nous étudions aussi la régulation. Nous étudions à présent d’autres modulateurs de transcription dépourvus de motif de liaison à l’ADN pour comprendre leur mode d’action sur RpoS et/ou sur l’expression de son régulon.

Régulation de la formation de biofilm par E. coli

Nous étudions la régulation de l’expression des gènes csgBA codant de courts fimbriae dénommés « curli », qui permettent l’adhésion d’E. coli sur des surfaces abiotiques. À l’aide d’une collection de mutants, nous avons identifié de nombreux facteurs protéiques modulant l’expression des curli. Nous cherchons actuellement à comprendre comment certains gènes régulent positivement l’expression des opérons csg et la formation de biofilm par cette bactérie. Par ailleurs, nous étudions la régulation de ces mêmes opérons par des petits ARN non codant (7 connus et d’autres à découvrir) et la fonction du 5’UTR de csgD (activateur des gènes structuraux des curli csgBA).