Petits ARN et régulation génique chez E. coli

Stéphan Lacour, Alexandre Dawid

Identification de petits ARN régulateurs chez E. coli

À partir de données de séquençage massif de transcrits de petite taille chez Escherichia coli, nous avons identifié de nombreux petits ARN transcrits indépendamment des gènes codant des protéines. Le rôle de certains d’entre eux pourrait être de réguler l’expression génique en agissant en trans sur la stabilité et le taux de traduction de différents ARN messagers. Nous cherchons à valider expérimentalement cette hypothèse en nous appuyant sur des outils bio-informatiques permettant de prédire des cibles géniques potentielles ainsi que sur des données expérimentales d’interactomes ARN-ARN (avec immunoprécipitation d’un ARN chaperon). Nous nous focalisons plus particulièrement sur les ARN non codants candidats issus de régions intergéniques. Nous élargirons ensuite l’étude aux détections issues des régions UTR (untranslated regions) flanquant les séquences codant des protéines. Après validation expérimentale de ces détections (Northern, RT-PCR, autre), nous recherchons leurs cibles géniques (prédictions bioinformatiques ou interactomes publiés) et mettons en œuvre des expériences pour démontrer la régulation d'une ou plusieurs fonctions biologiques par ces nouveaux petits ARN.

Identification de nouveaux atténuateurs de transcription chez E. coli

En parallèle de la recherche de nouveaux petits ARN trans-régulateurs, nous cherchons aussi à identifier des atténuateurs de transcription dans les régions 5’UTR que nous avons identifiées comme sources de petits ARN. En effet, certains de ces petits ARN issus de régions 5’UTR pourraient être le résultat de terminaisons de la transcription prématurées.