Thèse : Développement, caractérisation et contrôle des communautés d’E.coli sur une plateforme expérimentale automatisée - Maaike Sangster

L’étude des microorganismes dans les communautés est importante pour la compréhension de leur métabolisme et de leur association avec les maladies humaines, mais aussi pour une gamme d’applications biotechnologiques, car les consortiums microbiens peuvent être utilisés pour augmenter la production de composés pertinents. Notre groupe a précédemment développé un modèle mathématique à gros grain d’un consortium prometteur. Dans ce projet de thèse, nous construisons ce consortium de deux souches d’E.coli, un spécialiste du glucose et un spécialiste de l’acétate, dans le but d’améliorer notre compréhension quantitative des conditions de coexistence et des compromis possibles qui l’accompagnent. Pour étudier la croissance de ce consortium, nous utilisons une plateforme expérimentale automatisée que nous avons développée en interne, ce qui nous permet de varier et de mesurer les conditions de croissance de manière dynamique. Nous montrons que la croissance des souches individuelles peut être bien expliquée avec le modèle mathématique existant. Cependant, nos résultats suggèrent également que le cycle de l’acétate devrait être modélisé plus en détail afin d’expliquer la croissance du consortium à faible taux de croissance où la coexistence se produit. Avec cette étude, nous donnons un aperçu de la dynamique communautaire et des propriétés émergentes d’un consortium microbien synthétique prototypique. Il souligne l’importance d’étudier les co-cultures par opposition aux monocultures et fournit une meilleure compréhension du métabolisme de débordement dans E.coli.

Membres du jury: Fabien Létisse, Steffen Klamt, Madalena Chaves, Franz Bruckert

Direction de thèse: Eugenio Cinquemani and Hans Geiselmann