Recrutement, Recherche

La découverte des protéines intrinsèquement dépliées ou désordonnées (PID) il y a environ 20 ans a entraîné un changement de paradigme par rapport à l'image initiale selon laquelle c'est principalement la structure des protéines qui détermine leur fonction. Les PID constituent plutôt une fraction cruciale des protéines d'un organisme vivant et sont définies par leur absence de structure tridimensionnelle stable et ordonnée.
Le stage proposé s'inscrit dans le cadre d'un projet de collaboration qui vise à :
  1. caractériser les conformations échantillonnées par les IDP modèles dans différentes conditions bien contrôlées,
  2. étudier la manière dont ces conformations dépendent des propriétés chimiques des IDP, et
  3. comprendre comment et pourquoi de petites différences dans les propriétés chimiques et les conformations entraînent de grandes différences dans les voies d'auto-assemblage des PDI.

Le projet combinera des techniques neutroniques et radiologiques de pointe et des simulations à gros grains. Le stage proposé se concentre sur la modélisation des IDP en solutions aqueuses, une tâche difficile en raison du grand nombre d'états conformationnels distincts qu'elles explorent. Récemment, plusieurs modèles à gros grains (CG) ont été développés pour reproduire avec précision les propriétés structurelles des IDP. Nous utiliserons des simulations de dynamique moléculaire pour explorer les modèles CG avec deux approches, à savoir les simulations de solvant implicite et explicite, pour traiter les molécules de solvant (c'est-à-dire l'eau). Les propriétés structurelles et dynamiques des protéines seront étudiées en fonction de la concentration de la protéine. L'étude computationnelle sera complétée par un travail expérimental, où les propriétés rhéologiques de la solution de protéine seront étudiées. Au cours de ce projet, le candidat aura une occasion unique d'explorer la modélisation théorique et les approches expérimentales dans la recherche.

La thèse sera réalisée en collaboration entre le Laboratoire Interdisciplinaire de Physique (LIPhy) et l'Institut Laue-Langevin (ILL) à Grenoble. La partie expérimentale (rhéologie) se déroulera dans les laboratoires du Partenariat pour la Matière Condensée Molle (ILL-ESRF).
Mis à jour le 21 juin 2022